Walaupun sentimen anti-Israel tersebar luas di dunia Arab, beliau mengekalkan hubungan baik dengan Israel.[4] Beliau pernah bertemu dengan Menteri Luar Israel Tzipi Livni (25 September 2007) di New York. Ini merupakan usaha sebenar pertama pemimpin di Teluk Parsi membuka dialog dengan Israel.[5][6] Beliau menentang dasar petempatan Israel, terutamanya Penyahudian Baitulmuqaddis.[7]

Pada Oktober 2012, Sheikh Hamad membuat lawatan penting ke Gaza, ketua negara pertama berkunjung ke situ sejak pemilihan 2006 Hamas dan pengenaan sekatan oleh Israel.[8] Beliau terbang ke Mesir sebelum memasuki Gaza dengan kereta. Di sana, amir melancarkan satu projek pembinaan semula bernilai $254 juta, dan memberi ucapan kepada orang Palestin.[9] Ini merupakan kunjungan kedua beliau ke Genting Gaza (kali pertama pada 1999).[10]